En 1802, Bonaparte ordonne de reprendre les travaux de la digue, selon la méthode de La Bretonnière, en aménageant la partie centrale pour recevoir des canons. Par le décret du 25 germinal an XI (1803), il charge l'ingénieur Cachin du creusement de l'avant-port militaire qu'il qualifiera de Lac de Moeris (inauguré le 27 août 1813 en présence de l'impératrice Marie-Louise), et décide de la construction du nouvel Arsenal. Le Premier consul veut faire de Cherbourg un des ports militaires principaux, visant l'invasion du Royaume-uni. En 1803, Cherbourg est à l'abri des attaques anglaises et devient un port d'attache de corsaires.